Résumé : 2029, Newport City. Le Major Motoko Kusanagi, femme cyborg ultra-perfectionnée, à la tête de la Section 9, une unité d'élite anti-terroriste, enquête sur un nouveau cyber-virus capable de contrôler les esprits et d'altérer les souvenirs de ses victimes. Le suspect principal, surnommé le "Marionnettiste", à la réputation aussi mystérieuse qu'insaisissable, devient la cible d'une traque intense sur fond de rivalité avec la section 6, à la solde du Ministère des Affaires Etrangères et de son mystérieux Projet 2501. Ecoutant sa voix intérieure, Motoko se lance corps et âme dans une quête sans relâche qui l'amènera à questionner son existence et sa part d'humanité.
2032… La frontière de plus en plus mince qui séparait l'homme de la machine a été abolie… Batou est un cyborg (esprit humain dans un corps robotisé) et il est inspecteur…
Ash, une joueuse chevronnée, a toujours su prendre ses distances avec Avalon, un jeu vidéo illégal sur lequel les joueurs branchent directement leur cerveau et qui provoque des comportements addictifs : mais lorsque Murphy, son copain, se fait griller les neurones par Ghost, le chasseur virtuel du programme, le face-à-face entre Ash et Ghost devient inéluctable...